玉龙杰赤仍剩有六万守军，其中多半是突厥人。他们中的部分人拒绝同太后一直出逃，同时也不愿听命于潜回城中的花剌子模新国王札兰丁的指挥。但也有人支持札兰丁，札兰丁暂且留在城中指挥战斗，此时灭里也来到他的身边，他的力量得到壮大。他与灭里商议，万一城池不守，他们将退守哥疾宁。
自王子札兰丁继承父位，掌握军权后，始将花剌子模的抵抗运动推向高潮。蒙军虽攻陷了花剌子模大部分的城池，却未及建立起稳固的政权，真正彻底地征服它是在第二代大汗窝阔台手上完成的。
正在里海附近屯养兵马的哲别和速不台很快获悉了太后图儿堪躲入马三德兰的准确情报，当即挥军直扑马三德兰，将伊拉鲁城堡团团围困。数日强攻，城内守军坚持不住，弃械投降。太后及其王室成员均被生俘，哲别、速不台将他们一并解往成吉思汗处。
术赤三兄弟对玉龙杰赤实施包围已经整整七个月了，七个月中，战事毫无进展。术赤和察合台的意见得不到统一，将士们只能望河兴叹。
成吉思汗如何不知围攻玉龙杰赤失利的真正原因在哪里，开始他还寄希望于术赤和察合台尝到苦头后能主动改善关系，默契配合，随着时间的推移，他的愿望破灭了，代之而来的是暴风雨般的震怒。他们，他的儿子们，太令他失望了。他毅然决定由窝阔台担任最高统帅，术赤、察合台交出兵权，共同听命于窝阔台。
三兄弟不敢违命。
窝阔台不愧为头脑清醒冷静的主帅之选。过去他手中无权，对两个哥哥所有的调停都近乎于和稀泥，如今他大权在握，就必须用铁的手腕使他们完全听从于他的指挥。毕竟战争不是儿戏。
蒙军无疑是一支军纪严明、上下一心的军队，主帅间的不和虽造成了一度的纪律松懈，但一经窝阔台严厉治军，就又恢复了往日的锐气。数日后，蒙军攻入玉龙杰赤的另一半城池。战斗并未停止，每座房屋、每条巷道都是战场，战斗激烈到了寸土必争的程度。经过七个昼夜的巷战和肉搏战，守军和居民被逼至最后三个区，再也没有能力抵抗攻势越发凌厉、意志更加顽强的蒙军。
迫不得已，他们推举了一位叫哈牙惕的警长前去和术赤谈判。哈牙惕警长说：“我们已经领教了大王的怒火和威严，还望大王网开一面，饶恕我们这些活着的并且愿意归顺大王的人。”
术赤指着城中遍地的横尸怒不可遏：“你们的抵抗使我军遭受了惨重的伤亡，领教了怒火和威严的人是我而不是你，你叫我怎么宽恕！”
